Hacia 1770 llegaron a el antiguo San Juan Parangaricutiro los Frailes Agustinos provenientes del Convento de Jacona, quienes Evangelizaron la región durante 200 años.

Cuenta la leyenda que la imagen del Señor de los Milagros fue adquirida por Don Nicolás Moricho, originario y vecino del pueblo, hacia fines del siglo XVI. Don Nicolás adquirió el Santo Cristo de manos de un supuesto y misterioso vendedor de imágenes, que se presentó en su domicilio con otros tres Cristos más o menos iguales, siendo una más parecida a su raza y la adquirió.

El desconocido recomendó: "Adoren al Hijo de Dios que se sacrificó por la Humanidad entera. El curará sus enfermedades, remediará sus angustias y endulzará con su divina Sangre, su triste caminar por el valle de las lágrimas". Después sin admitir el pago de la escultura y sin querer revelar su nombre ni lugar de origen, además de rehusarse a tomar alimentos, salió por los callejones que daban al norte de la población; pero según el testimonio de unos indios que le fueron siguiendo, desapareció en las orillas del pueblo. "Era el día de la Exaltación de la Santa Cruz, 14 de septiembre" .

Por esos días vino al pueblo uno de los Frailes Agustinos residentes en Zirosto, quien al enterarse de la adquisición de la imagen y del misterioso vendedor, procedió la bendición de la imagen y ordenó a la familia Moricho que se diera culto público a aquella imagen porque Nuestro Señor Jesucristo iba a obrar muchos milagros por ese medio. Desde entonces se comenzó a conocer esta imagen como "EL SEÑOR DE LOS MILAGROS".

Los habitantes del lugar comenzaron a deducir que aquel extraño sujeto no era precisamente un vendedor de imágenes, sino un enviado del cielo que les traía una imagen con la cual, Jesucristo ahí representado, se quedaba con ellos para alivio y consuelo de aquel pueblo. Convencidos y maravillados por esos motivos, los Frailes y todo el pueblo incrementaron el culto a la Sagrada Imagen hasta trasladarla al templo parroquial, como era digno y justo.

Una vez colocada la imagen en su trono, en el altar mayor, el Señor Cura le recomendó al pueblo gran empeño en mejorar sus costumbres, renunciar a la idolatría, vivir en paz y fraternidad; les prohibió la embriaguez, el escándalo y todo desorden que pudiere deshonrar a quel Santo lugar y les advirtió claramente a todos: que no consintieran ningún sacrilegio porque podría sobrevenir un tremendo castigo.

El volcán Paricutín hizo erupción el 20 de febrero de 1943. La lava que arrojo alcanzó a cubrir un área de 40 kilómetros cuadrados destruyendo todo el pueblo de San Juan Parangaricutiro del que sólo respetó el altar mayor y torres del Santuario. El pueblo recordó entonces aquella advertencia de su antiguo Sr. Cura y acataron el desastre resignadamente, con espíritu penitencial, ofreciendo a Dios su dolor en desagravio de sus pecados.

El 3 de Mayo de 1944, las primeras corrientes de lava llegan al panteón municipal. La alarma se propaga en el pueblo; y es entonces cuando las autoridades civiles y eclesiásticas, sabedoras del peligro inminente que se avecina, preparan a la gente para que decidan abandonar, para siempre, la tierra de sus anhelos y de sus sueños; esa tierra que los vio nacer.

Por fin, el 9 de Mayo de 1944, con lágrimas, llantos y sollozos, salen los pobladores de éste San Juan. Preside y guía su peregrinación la bendita imagen del Señor de los Milagros. ¿Su destino? Nadie lo conoce. "Adonde él nos lleve, ahí iremos. El nos sabrá escoger el lugar que merecemos. Nosotros tenemos fe y confianza en Dios, Por eso no nos apuramos".

Los habitantes de Parangaricutiro emprendieron una caminata 33 km. llevando consigo la preciosa imagen del Señor de los Milagros. Por todo el camino el Señor de los Milagros es aclamado. Y a su paso, grupos numerosos de personas riegan largos tramos de hojas de pino y flores, al tiempo que exclaman: ¡Viva Cristo Rey!, ¡Viva el Señor de los Milagros!, ¡Viva nuestra Madre la Santísima Virgen de Guadalupe!.

El día 12 de mayo de 1944 llegaron a la exhacienda de los Conejos, a 8 km. de Uruapan. Donde determinaron establecer el nuevo poblado de San Juan que en 1950 fue establecido en Municipio.